Uniformno formatiranje citata/referenci je osnovna obaveza i distinktivna karakteristika naučnih časopisa. Da bi se to obezbedilo u potpunosti u časopisu Specijalna edukacija i rehabilitacija format referenci se u svim radovima rutinski proverava i po potrebi koriguje pomoću softverske alatke pod nazivom RefFormatter.

RefFormatter automatski uparuje reference sa opisom citiranih radova u njihovom izvornom obliku, kako je on dat u pouzdanim, tzv. normativnim bazama podataka, kao što je CrossRef, Medline, itd. Tokom ove i narednih operacija, reference se raščlanjuju na sastavne delove (autor, naslov, itd), kako bi se korigovale greške, upotpunili nedostajući elementi, a njihov konačni izgled doveo u sklad s citatnim stilu koji časopis koristi.

Reference koje sistem ne uspe da pronađe u bilo kojoj od normativnih baza ostavljaju se autorima da ih formatiraju poluautomatski, koristeći funkcionalnosti RefFormatter-a.

Neusklađenost citata i referenci siguran je znak sumnjivog kvaliteta radova. Puna saglasnost između citata navedenih u tekstu rada i citata/referenci datih u odeljku Literatura obezbeđuje se u časopisu Specijalna edukacija i rehabilitacija poluautomatski, u dva koraka, s osloncem na SCIndeks Asistent.

SCIndeks Asistent najpre aktivira alatku nazvanu CiteMatcher koja procesira tekst članka da bi otkrila citate u tekstu koji nisu navedeni u spisku referenci i obratno, reference navedene u odeljku Literatura koje se ne pominju u tekstu rada. Na osnovu rezultata obrade CiteMatcher generiše poseban izveštaj u obliku tzv. tabele grešaka.

Tabelu s greškama SCIndeks Asistent zatim prosleđuje autorima, kako bi ih oni manuelno korigovali, bilo tako da dodaju nedostajuće ili brišu suvišne citate u telu rada, ili tako da ih dodaju ili brišu u popisu referenci.

Citiranje opozvanih ili ispravljenih članaka, kao i radova objavljenih u lažnim ili predatorskim časopisima postalo je ozbiljno opterećenje savremenog izdavaštva. Navođenje takvih referenci u članku direktno dovodi u pitanje legitimitet samog citirajućeg članka u celini.

Da bi se autori zaštitili od nesvesnog citiranja nelegitimnih referenci, u časopisu Specijalna edukacija i rehabilitacija se koristi posebna alatka pod nazivom Mind the Trap, koja autore upozorava na postojanje takvih referenci u njihovim rukopisima.

Mind the Trap procesira popis referenci svakog rukopisa i vidno označava one koje su navedene na njegovoj „crnoj listi“. Lista obuhvata preko 10.000 nelegitimnih (opozvanih) radova i preko 30.000 lažnih, predatorskih i spornih časopisa. Crna lista Mind the Trap-a se ažurira godišnje.

Rezultati obrade pomoću Mind the Trap-a se pridružuju članku da bi se upotrebili kasnije, u toku recenzentskog postupka. Odluka o tome da li označene reference treba isključiti s popisa referenci u odeljku Literatura (i istovremeno iz tela samog članka) ili ih zadržati ostavlja se autorima radova.

Svi radovi koji se objavljuju u časopisu Specijalna edukacija i rehabilitacija podvrgavaju se rutinski proveri na plagijarizam pomoću CrossCheck-a, odnosno iThenticate-a u posredstvom servisa SCindeks Asistent. iThenticate je jedina alatka za detekciju plagijarizma u naučnim časopisima čija efikasnost se smatra zadovoljavajućom. U iThenticate-u se detekcija obavlja sravnjivanjem proveravanog članka sa ogromnim korpusom svetske naučne literature koju ekskluzivno obezbeđuje CrossRef. Korpus dopunski obuhvata i naučne sadržaje dostupne na internetu.

Na osnovu rezultata detekcije uredništvo odlučuje da li podneti rukopis za koji je utvrđen značajan rezultat treba odbaciti ili, kao u nekim slučajevima, vratiti autorima na korekciju, npr. zbog ispuštenih citata. Prilikom odlučivanja uredništvo se rukovodi načelima COPE-a. U upotrebi iThenticate-a i razrešavanju pojedinih slučajeva, ono se oslanja na tehničku podršku CEON-a kao izdavača SCIndeks Asistenta i ugovarača usluga koje pruža CrossRef.

Radovi objavljeni u časopisu Specijalna edukacija i rehabilitacija pridružuju se automatski korpusu iThenticate dokumenata, kako bi bili zaštićeni od plagiranja.

U časopisu kakav je Specijalna edukacija i rehabilitacija od recenzenata se očekuje da donose ne samo valjane odluke o prihvatanju rukopisa, već i to da svojim sugestijama pomognu autorima da poboljšaju kvalitet radova preporučenih za objavljivanje.

Ova dragocena praksa se ohrabruje vrednovanjem korisnosti recenzija. Pored uobičajenog vrednovanja od strane uredništva, recenzente časopisa Specijalna edukacija i rehabilitacija ocenjuju i sami autori radova. U tu svrhu koristi se softverska alatka pod nazivom Reviewing Reviewers. Koristeći standardni onlajn upitnik kao deo SCIndeks Asistenta autori ocenjuju recenzente odgovarajući na standardna pitanja o tome koje delove/aspekte rada i u kojoj meri su unapredili zahvaljujući intervencijama i sugestijama recenzenta. Postupak ocene recenzenta od strane autora je dvostruko slep.

Ista alatka kvantifikuje i akumulira rezultate svih angažovanih recenzenata i generiše godišnji izveštaj koji uredništvo koristi u postupku obuke i izbora recenzenata.